生物制药废水的处理方法可归纳为以下几种：物理处理方法、化学处理方法、生物处理方法以及多种方法的组合处理等。
生物处理法已成为处理高浓度有机废水的主要选择，应用生物处理法显著地降低了污水处理的运行费用，为生物制药废水处理技术开辟了经济、有效的新途径。生物处理技术一般包括：好氧处理法、厌氧处理法、光合细菌处理法等。好氧生物处理中由于生物制药废水属于高浓度有机废水，常规好氧工艺活性污泥法难以承受COD浓度10g/L以上的废水，需对元废水进行大量稀释，因此，清水、动力消耗很大，导致处理成本很高，应用厂家实际废水处理率也较低。与好氧处理相比，厌氧法在生物制药废水处理方面通常具有有机负荷高，污泥产率低，产生的生物污泥易于脱水，营养物需要量少，不需曝气，能耗低，可以产生沼气，回收能源，对水温的事宜范围广，活性厌氧污泥保存时间长等优点，得到越来越多越来越广发的应用。 经单独的厌氧方法处理后的出水COD仍较高，难以实现出水达标，一般采用好氧处理以进一步去除剩余COD。
采用厌氧一好氧组合处理处理方法处理生物制药废水。单独的好氧处理或厌氧处理往往不能满足废水处理要求，而厌氧一好氧处理方法及其与其他方法的组合处理工艺在改善废水的可生化性、耐冲击性，降低投资成本，提高处理效果等方面明显优于单独处理方法，使其成为制药废水的主要处理方法。
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